Cơ cấu tổ chức Tổng công ty Hàng không Việt Nam gồm có:

1. Khối cơ quan Tổng công ty: Gồm các Ban chức năng giúp việc cho Tổng giám đốc điều hành các hoạt động sản xuất kinh doanh của Tổng công ty.
2. Các công ty thành viên:

• Đơn vị hoạch toán phụ thuộc:
  • Xí nghiệp thương mại mặt đất Nội Bài NIAGS
  • Xí nghiệp thương mại mặt đất Đà Nẵng DIAGS
  • Xí nghiệp thương mại mặt đất Tân Sơn Nhất TIAGS
  • Tạp chí Heritage
• Đơn vị sự nghiệp:
  • Viện khoa học Hàng không VAI
• Công ty TNHH một thành viên:
  • Công ty TNHH MTV Kỹ thuật máy bay VAECO
  • Công ty TNHH xăng dầu Hàng không VINAPCO
  • Công ty bay dịch vụ hàng không VASCO
• Công ty cổ phần:
  • Công ty Cổ phần Suất ăn Hàng Không Nội Bài NCS
  • Công ty Tư vấn khảo sát thiết kế hàng không
  • Công ty Dịch vụ hàng không sân bay Nội Bài NASCO
  • Công ty Xây dựng công trình hàng không
  • Công ty In hàng không
  • Công ty Xuất nhập khẩu hàng không AIRIMEX
  • Công ty Cổ phần dịch vụ hàng hóa Nội Bài NCTS
  • Công ty Cổ phần tin học hàng không
  • Công ty Bảo hiểm Hàng không Việt Nam VNI
  • Công ty cho thuê máy bay VALC
  • Hãng hàng không quốc gia Campuchia CAA
• Công ty Liên doanh có vốn góp chi phối của Tổng công ty:
  • Công ty liên doanh trách nhiệm hữu hạn dịch vụ hàng hóa Tân Sơn Nhất (Tổng công ty sở hữu 70% vốn điều lệ).
  • Công ty liên doanh sản xuất bữa ăn trên tàu bay Tân Sơn Nhất (Tổng công ty sở hữu 60% vốn điều lệ)
  • Công ty liên doanh trách nhiệm hữu hạn giao nhận hàng hóa thành phố Hồ Chí Minh (Tổng công ty sở hữu 65% vốn điều lệ).
  • Công ty liên doanh phân phối toàn cầu (Tổng công ty sở hữu 90% vốn điều lệ).
• Công ty Liên kết:
  • Công ty Cung ứng dịch vụ hàng không
  • Công ty Dịch vụ hàng không sân bay Đà Nẵng
  • Công ty Nhựa cao cấp hàng không
  • Công ty Ôtô hàng không
  • Công ty Cung ứng xuất nhập khẩu lao động hàng không
  • Công ty Cổ phần du lịch hàng không
  • Công ty Cổ phần khách sạn hàng không
  • Công ty Cổ phần quảng cáo hàng không